El pretratamiento de las muestras consiste en los procedimientos que permiten dejar las mismas en condiciones adecuadas para poder realizar los análisis requeridos por el veterinario.
Los diferentes pretratamientos pueden ser: centrifugación y separación de las muestras de suero y plasma y su trasvase a contendeores adecuados previamente marcados con el número de registro de la muestra (mediante códigos de barras) para los ensayos de bioquímica, serología, inmunología, endocrinología etc, agitación y homogeneización de las muestras de sangre EDTA para los ensayos de hematología, extracción, y purificación de ácidos nucleicos (ADN/ARN) para las técnicas de biología molecular (PCR), corte, parafinado, fijación y tinción para las muestras de tejidos que se someterán a estudios histopatológicos, limpieza externa, corte y homogeneización en su caso de las muestras dedicadas a ensayos microbiológicos etc.
Una vez realizado el pretratamiento se obtienen las hojas de trabajo que emite el programa informático que controla todo el sistema, en base a las diferentes analíticas que se han grabado para hacer en cada una de las muestras. Estas documentos permiten optimizar el flujo de trabajo de tal forma que todas las muestras que serán sometidas a un determinado ensayo estén controladas y además permite trabajar en lotes de muestras homogeneos lo cual mejora considerablemente la optimización de recursos y permite disminuir los tiempos de respuesta.